A leishmaniose é uma doença que acomete regiões tropicais e subtropicais do globo. A doença esta entre as seis doenças infecciosas parasitárias de maior importância em saúde pública, apresentando-se de maneira endêmica em pelo menos 98 países. Cerca de 15 espécies de Leishmania são capazes de infectar o homem e causar a Leishmaniose Tegumentar Americana (ATL), dentre elas a Leishmania (V.) braziliensis, que é responsável pelas formas clinicas na região de Corte de Pedra (CP). São encontradas três formas clínicas de LTA em CP: LC (leishmaniose cutânea), LM (leishmaniose mucosa) e LD (leishmaniose disseminada), sendo esta forma emergente. Dentro os nossos objetivos foram: (1) avaliar se os genótipos dos loci do CHR24/3074 e CHR 28/425451 da L. (V.) braziliensis se apresentam em equilíbrio (Lei HW); (2) analisar os índices de heterozigosidade nesses loci e se eles variam de acordo com a origem clínica do isolado parasitário; (3) analisar se os índices heterozigosidade das amostras do período de 2008-2012 em relação ao período de 1992-2001; (4) avaliar a diferenciação (Fst) entre as populações e entre as subpopulações isoladas de diferentes formas de LTA; (5) avaliar a incidência dos genótipos dos loci CHR 28/425451 e CHR 24/3074. Neste estudo de corte transversal, duas amostras de L. (V.) braziliensis isoladas de pacientes de LTA foram exploradas, uma obtida entre 1992 e 2001 (n= 35), outra entre 2008 e 2011 (n=108 do CHR 28/425451 e n=115 do CHR 24/3074). Os parasitas foram genotipados por sequenciamento do locus CHR 28/425451 e CHR 24/3074. Então as frequências alélicas foram determinadas, e a heterozigosidade e o EHW dos genótipos observados avaliados. As frequências dos alelos detectados no locus CHR28/425451 variaram de acordo com a estação de transmissão de LTA considerada no período 2008-2011. Os genótipos no locus CHR 28/425451 mostraram-se em EHW nas duas amostras analisadas (p>0,05 para x2 de genótipos observados versus de esperados). De forma geral, as heterozigosidades observadas para o locus entre os dois períodos estudados foi similar (1992-2001:49%; 2008-2001: 48,72%). Contudo, entre 2008 e 2011, a heterozigozidade em L. (V.) braziliensis isoladas de LD foi inferior (45%) às dos parasitas obtidos de LC (58,22%) e LM (66,67%). No CHR 24/3074 os valores da heterozigosidade observada foram próximas. Em relação as formas clínicas a LD apresentou heterozigosidade observada menor do que LM (33%) e LC (25%) em Conclusões: (1) o EHW encontrado para os genótipos sugere que troca de material genético deva ser frequente entre L.(V.) braziliensis de focos de transmissão de LTA; (2) os achados sobre heterozigosidade sugerem que os parasitas envolvidos na LD devem ter sido mais recentemente incorporados à população causadora de LTA na região. O nível de FST do CHR 28/425451 mostrou uma pequena diferenciação. Possivelmente isto deve ter acontecido pelas cepas já terem trocado material.