Introdução: O Brasil possui, em seu vasto território, diferentes tipos de biomas, que abrangem um quantitativo amplo de macro e micro-organismos. Esta característica territorial implica em diferentes tipos de relações estabelecidas entre a população humana, animais domésticos e silvestres além de micro-organismos presentes no ecossistema. Uma das principais relações que ocasionam graves problemas de saúde pública é a interação de humanos com mosquitos vetores. A crescente urbanização, em áreas antes conservadas, pode desestabilizar a homeostase do ecossistema, aumentando o contato de humanos com mosquitos, bem como diminuindo a interação destes insetos com possíveis predadores, como anfíbios anuros. A identificação de espécies, sejam plantas, mamíferos, anfíbios, répteis ou insetos sempre foi um desafio para a comunidade cientifica, havendo a necessidade de metodologias que possam contornar limitações associadas as técnicas de identificação atuais. Objetivo: Identificar a presença de mosquitos do gênero Aedes sp. e de espécies de anuros em amostras de DNA ambiental, provenientes de bromélias em fragmentos de Mata Atlântica e fitofisionomias de restinga nas regiões de Salvador e Camaçari, Bahia Brasil. Material e Métodos: Este é um estudo de corte transversal, que incluiu amostras de eDNA e de mosquitos coletadas em três pontos da cidade de Salvador e um ponto localizado no município de Camaçari. Foram feitas quatro coletas em cada local, uma por estação do ano, e foi realizado um levantamento do quantitativo e das espécies de mosquitos coletadas em cada região. Além disto, foi usado o eDNA de água de bromélia para investigação por PCR para mosquitos do gênero Aedes sp. e espécies de anuros. Para a investigação dos anuros, foi padronizado um protocolo de PCR e sequenciamento usando fragmentos de tecido de anuros e comparadas com sequencias disponibilizadas no Genbank para confirmação da espécie. Resultados: O presente estudo realizou a padronização de um protocolo de PCR para identificação de anuros e mosquitos com base no genoma destes indivíduos. Contudo, a técnica não detectou a presença de mosquitos e anuros em amostras ambientais de bromélias coletadas. A caracterização dos ambientes investigados, bem como dos mosquitos coletados, possibilitou mensurar a abundância e riqueza de espécies de mosquitos em cada região, verificando a presença de espécies exclusivas em ambientes contendo bromélias, como exemplares do gênero Wyeomyia (Phoniomyia) sp. e associando a captura de indivíduos, como mosquitos do gênero Culex sp., encontrados exclusivamente no período noturno. Conclusões: Este trabalho demonstrou que o método de identificação padronizado é eficaz e consegue identificar espécies, contornando os vieses associados a morfologia de organismos. Contudo, a eficácia da aplicação deste método em amostras ambientais depende da taxa de material genético do organismo investigado na amostra, bem como da metodologia de obtenção desse material para realização das análises posteriores.