A leishmaniose tegumentar Americana (LTA) pode resultar de infecções humanas com Leishmania (Viannia) braziliensis, a qual é responsável por três formas de doença: leishmaniose cutânea (LC), mucosa (LM) e disseminada (LD). Essas três formas da doença podem ser encontradas em Corte de Pedra (CP), Bahia/Brasil. A ocorrência desses diferentes desfechos da doença nesta área endêmica, sugere que a cepa parasitária exerça um importante papel sobre a determinação do prognóstico da infecção. Buscamos avaliar a dinâmica na constituição genotípica da população parasitária de L. (V.) braziliensis ao longo do tempo, sua associação aos desfechos clínicos de LTA em Corte de Pedra-BA, e se a carga parasitária está relacionada com a gravidade da doença. DNA total foi obtido a partir da suspensão de L. (V.) braziliensis isoladas de sujeitos com LC, LM ou LD pertencentes a duas amostras temporalmente distintas: Amostra A, 35 sujeitos recrutados entre 1992 e 2001; Amostra B, 126 sujeitos recrutados entre 2008 e 2011. Dois loci polimórficos (CHR24/3074 e CHR28/425451) dessas L. (V.) braziliensis foram amplificados por PCR, clonados, sequenciados e seus genes comparados entre os parasitas das duas amostras, para a caracterização de seus alelos. Esses loci foram explorados para avaliar a associação entre genótipos do parasita e as formas clínicas da doença. Um total de 194 amostras de DNA do parasita obtidos a partir de biópsias de lesões dos pacientes com LTA foram quantificadas por qPCR e utilizadas para avaliar a associação entre a carga parasitária e as manifestações clínicas da LTA. Identificamos no CHR24/3074 11 eventos de polimorfismos (SNP’s e Indel’s) e um total de 15 haplótipos de acordo com as nossas definições, sendo que 4 apresentaram-se mais frequentes. Já o locus CHR28/425451 apresentou 3 eventos polimórficos com um total de 7 haplótipos, dos quais 3 mantiveram-se consistentes entre as amostras A e B. Quatro haplótipos foram detectados exclusivamente na amostra mais recente, B. A avaliação da carga parasitária revelou que a alta carga pode estar associada à resposta terapêutica dos pacientes. As avaliações entre genótipos parasitários e os fenótipos da LTA confirmaram estudos anteriores, mostrando associação entre os genótipos e desfechos clínicos da doença. Além disso, pudemos constatar como a qPCR pode ser eficaz para quantificação da carga parasitária, e esta pode exercer um papel importante na resposta terapêutica desses pacientes.