A incidência da sífilis congênita (SC) tem aumentado no Brasil nos últimos anos e em 2014 a 2016 houve desabastecimento da penicilina para tratamento dos recém-nascidos (RNs), agravando esta situação. Objetivo: Descrever a evolução clínica e laboratorial de RNs tratados para SC com ceftriaxona e cefotaxima na Maternidade Tsylla Balbino, Salvador, Bahia. Desenho do estudo: estudo descritivo, com avaliação retrospectiva do RN ao nascer e reavaliação clínica e laboratorial aos 3 anos de idade. Resultados: A revisão de 5500 prontuários resultou em 170 gestantes com teste não treponêmico (VDRL) positivo no momento da admissão e 95 RNs com diagnóstico de SC. Devido ao desabastecimento da penicilina, foram formados dois grupos de tratamento: ceftriaxona (N=25) e cefotaxima (N=11). Nesta amostra, 55,6% das mães tinham ensino médio, 86,1% realizaram pré-natal e 38,9% receberam diagnóstico na admissão da maternidade. Apenas 30,6% das gestantes foram adequadamente tratadas, enquanto 94,4% dos parceiros sexuais não realizaram tratamento. Observa-se que os valores do VDRL dos recém-nascidos foram iguais ou menores aos da genitora na maternidade. Apenas 2 crianças do grupo ceftriaxona apresentaram FTAABS positivo e todos VDRL foram negativos na reavaliação. Houve perda de seguimento importante demonstrando a vulnerabilidade desta população que necessita de estratégias de saúde pública crescimento e desenvolvimento das crianças, evitando as sequelas da SC. Conclusão: Este estudo contribui com o registro epidemiológico e empírico do tratamento da SC e aponta para a possibilidade de elencar a ceftriaxona e a cefotaxima para o tratamento em RNs em caso de desabastecimento da penicilina.