Introdução: O HTLV-1 é um patógeno distribuído globalmente, afetando cerca de 5 a 10 milhões de pessoas. Estima-se que no Brasil existem 800 mil pessoas vivendo com o vírus, o que o caracteriza como um dos países com maior número absoluto de casos. No Brasil, as regiões Norte e Nordeste são as mais afetadas pelo vírus. A infecção pelo HTLV-1 pode levar ao desenvolvimento de doenças como ATLL, HAM/TSP e IDH. O genoma do HTLV-1 possui genes estruturais e uma região responsável pela codificação de proteínas acessórias e regulatórias, importantes para o estabelecimento, disseminação e ação do vírus. O sequenciamento pode elucidar fatores desse vírus que influenciam a propagação e o desenvolvimento de manifestações clínicas associadas ao HTLV-1. Objetivo: O objetivo principal deste trabalho é avaliar o papel das mutações no genoma do HTLV-1 e sua possível associação com o desenvolvimento das doenças associadas ao vírus. Material e Métodos: Estudo de corte transversal, com amostras de indivíduos infectados pelo HTLV-1, que foram sequenciadas para identificação de mutações nas regiões LTR e hbz do genoma do vírus. Além disso, duas revisões sistemáticas foram realizadas seguindo as instruções do PRISMA para aprofundamento e revisão das áreas de estudo. Resultados: Foram observadas duas mutações, V15M e R119Q, na região de hbz, sendo a V15M observada exclusivamente em pacientes HAM/TSP, enquanto R119Q aparenta ser um fator de proteção para o desenvolvimento de doença. Em LTR foram encontradas mutações que levaram ao surgimento ou deleção de sítios de ligação de fatores de transcrição. Além disso, foram encontrados pela revisão sistemática quatro trabalhos que relacionaram mutações em env e ORF-1 com o desenvolvimento de alguma forma clínica. Em relação ao estudo de sequenciamento, a metodologia Sanger é mais utilizada para o estudo do HTLV-1. Conclusões: Foi possível observar a presença de mutações relacionadas ao desenvolvimento de HAM/TSP, como C39Y, P45L, S69G, P86S e R88K (ORF-I), S72G e N93D (gp46) e V15M e R119Q (HBZ). Também foram observadas alterações nos sítios de ligação de fatores de transcrição, que podem estar relacionadas a um desequilíbrio de produção e expressão de genes virais. Além disso, foi possível observar que apesar dos avanços nas tecnologias de sequenciamento, os estudos de HTLV-1 ainda trabalham com a primeira geração de sequenciamento, o Sanger.