A leishmaniose tegumentar (LT) é uma doença infecciosa, não contagiosa, causada por protozoários do gênero Leishmania, cuja forma clássica é caracterizada por úlcera de bordas elevadas. A despeito da forma classica, formas atípicas vêm sendo esporadicamente relatadas. O objetivo: Descrever os aspectos clínicos e imunológicos os portadores dessa variante da patologia, bem como avaliar a genética dos parasitas isolados. Metodologia: Para tanto foram coletados dados clínicos, sangue periférico para avaliação da resposta imune. Parasitas foram obtidos do pacientes com leishmanios cutânea atípica (LCA), que tiveram seus endereços mapeados geograficamente. Resultados: Em dois periodos 2005/2006 e 2008 – 2012 foram incluídos 69 pacientes atípicos, sendo 02 pacientes portadores de Síndrome da Imunodeficiência adquirida (AIDS), 16 pacientes gestantes e 51 não possuíam fator de risco aparente para atipia. Estes pacientes, quando comparados com portadores de leishmaniose cutânea (LC), não possuem distribuição geográfica distinta (P= 0,258), apresentaram maior proporção de lesões acima da linha da cintura 94,1 x 33,3% (P=0.0001) e de falha ao antimonial 41 x 0% (P=0,0006). Imunologicamente apresentaram menor produção de TNF-α (média 316,5 X 1906,1 X pg/ml; P= 0,0001) e de IFN-γ (média 747,1 X 4445,9 pg/ml; P=0,0002), porém produzem mais IL-10 (média 392,8 X 171,9 pg/ml; P=0,0006) e IL-17 (média 218,4 X 69,4 pg/ml; P=0,0008). Os parasitos isolados de pacientes com LCA apresentam polimorfismos em proporções distintas dos isolados de LC, quando comparada à mesma região do genoma, bem como apresentam polimorfismos que não foram identificados nos isolados de LC. Portanto os pacientes portadores de LCA, apesar de residirem na mesma área dos portadores de LC, são clinicamente distintos e também apresentam resposta imune diversa. Conclusões: Os parasitas isolados dos pacientes com LCA são geneticamente distintos dos isolados de LC e podem representar uma cepa específica que determina uma forma de LT, com clinica, resposta imunologica distinta, e que representam um desafio tanto quanto ao diagnóstico, tanto quanto terapêutico.