Introdução: O número de pessoas transgênero e de gênero diverso (TGD) em busca de terapia hormonal de afirmação de gênero (THAG) aumentou significativamente. Poucos estudos avaliaram os efeitos da THAG na conectividade cerebral em indivíduos TGD. A influência da terapia afirmativa de gênero na conectividade funcional em repouso (rs-FC) em pessoas TGD além de pouco conhecidos, não estão claramente estabelecidos, representando uma lacuna a ser explorada. Objetivos: Caracterizar os impactos da THAG nos padrões de conectividade cerebral na rede Default Mode Network (DMN) e Salience Network (SN) em indivíduos TGD. Métodos: Um estudo prospectivo com indivíduos TGD, sexo masculino designado ao nascimento (AMAB) e sexo feminino designado ao nascimento (AFAB), antes e depois da THAG. Os participantes foram submetidos a ressonância magnética funcional em repouso antes e seis meses após THAG. Foram gerados mapas de rs-FC para cada participante. Regiões de interesse foram definidas para sementes que ancoram as redes DMN e SN, especificamente córtex cingulado posterior (CCP) e a ínsula anterior dorsal (IAd). Mapas de rs-FC antes e seis meses após THAG foram comparados, gerando um único mapa para cada semente, CCP e IAd, dos subgrupos (AMAB e AFAB), sendo considerada uma diferença significativa um valor de p < 0,05, não corrigido. Resultados: Quatorze indivíduos TGD, (AMAB n = 7, AFAB n = 7), com idade média de 27,7 (23,4 - 30,5) anos, foram incluídos no estudo. No grupo AMAB, houve aumento significativo na rs-FC da semente CCP para o pré-cúneo (nó da rede DMN) e redução significativa da rs-FC da 3 semente IAd para o córtex cingulado médio e córtex orbitofrontal (nós da rede SN) após uso de estradiol e antiandrógeno (p < 0,05, não corrigido). No grupo AFAB, houve redução significativa da rs-FC da semente CCP para o pré-cúneo, giro frontal superior e giro parahipocampal (nós da rede DMN) e da semente CCP para a ínsula (entre as redes DMN e SN) após uso de testosterona (p < 0,05, não corrigido). Adicionalmente, a rs-FC da semente IAd para a amígdala, ínsula e córtex cingulado anterior (nós da rede SN) reduziu significativamente após THAG com testosterona (p < 0,05, não corrigido). Conclusões: Nossos resultados sugerem que a THAG pode modificar os padrões de conectividade nas redes cerebrais envolvidas nos processos emocionais e cognitivos em indivíduos TGD. Este estudo destaca a capacidade notável do cérebro de se adaptar em resposta à THAG.