Introdução: No período neonatal, as infecções são frequentes causas de morbi-mortalidade. Por sua vez, aquelas de etiologia fúngica têm elevada taxa de letalidade, especialmente porque é nosocomial a maioria dos casos de fungemia. Não obstante, ainda na atualidade, há muitas controvérsias sobre o diagnóstico e o tratamento da infecção fúngica no recém-nascido (RN) ou faltam estratégias validadas de tratamento. Objetivos: Identificar as características clínicoepidemiológicas, terapêuticas e evolutivas dos pacientes com fungemia, no período neonatal. Metodologia: Análise secundária de dados de relato de caso publicados na literatura científica, indexada nas bases de dados Medline, Scopus e LILACS, a partir do ano de registro de textos completos até o ano de 2010. Resultados: de 1960 a 2010, foram 252 casos de fungemia neonatal, relatados em 178 artigos selecionados segundo critérios de inclusão, e distribuídos em 92 periódicos. O fator de impacto desses periódicos foi declinando com passar do tempo, a despeito do aumento do número de publicações no mesmo período. A maioria dos artigos descreveu de 1 a 2 casos (73,9%; n=178), e esse foi o indicador mais associado à melhor qualidade do artigo, considerada boa em 5,2%; regular em 59,9%; e ruim em 34,9% das publicações; quando exclusivamente consideradas as variáveis preditoras de fungemia, descritas na literatura, houve aumento da qualidade dos relatos publicados; sendo assim, 5,2% foram alocados na categoria de excelente qualidade. Os fungos do gênero Candida foram os mais relatados, com 50% de casos de Candida albicans e 27,5% por outras candidas, notadamente a C. parapsilosis. Os fungos nãoleveduriformes corresponderam a 4,9% dos casos, e dentre esses, os fungos do gênero Aspergillus foram os agentes em 21% (11/52). Houve predominância de casos do sexo masculino, e recém-nascidos de extremo baixo peso. Os casos de fungemia foram tratados principalmente com anfotericina B nas diferentes apresentações, associada ou não (78,5%); e em geral a falha terapêutica foi de 39,8%(47/118) considerando o primeiro esquema terapêutico utilizado a anfotericina B. A taxa de letalidade foi de 38,5% (95/247). Na quase totalidade dos casos (98%; 247/252), não houve registro sobre avaliação ética para publicação do caso. Discussão: foi possível confirmar a predominância da C. albicans como agente fúngico mais frequente, embora a emergência de novos agentes se apresente em proporção considerável nos últimos anos (e.g., C. parapisilosis e Aspergillus spp., entre outros). Como descrito na literatura, foi elevada a taxa de letalidade. A predominância (94,8%) de casos com descrição avaliada como de qualidade regular ou inferior foi decorrente dos elevados percentuais de informações sem adequado registro, sendo essa ocorrência de menor frequência nas publicações com até 2 casos por artigo. Conclusão: Os registros estruturados dos relatos de casos forneceram informações relevantes sobre os quadros de fungemia neonatal; proporcionaram maior conhecimento sobre essa situação clínica; e também forneceram indicadores para futuros estudos ou ensaios clínicos.