Introdução: A leishmaniose tegumentar compreende um grupo de doenças causadas por diferentes protozoários do gênero Leishmania. A Leishmania (Viannia) braziliensis é a principal causa da Leishmaniose Tegumenta no Brasil, causando ao menos três formas clínicas: leishmaniose cutânea localizada (LC), leishmaniose mucosa (LM) e leishmaniose disseminada (LD). Corte de Pedra (CP) na Bahia é uma área endêmica para a LTA, na qual encontramos as três formas clínicas. Uma apresentação precoce da LC, caracterizada por pápula na pele do paciente e linfadenopatia regional tem sido identificada. Essa forma é denominada de leishmaniose cutânea recente (LCR). Associações entre alelos no locus iniciado na posição 425.451 do cromossoma 28 da L. braziliensis e formas de leishmaniose têm sido descritas. Objetivo: Desenvolver ensaio de PCR para a detecção de alelos no locus CHR 28/425451 da L. braziliensis de Corte de Pedra-Ba e avaliar o papel da cepa parasitária na leishmaniose cutânea recente. Métodos: É um estudo de corte transversal, no qual o DNA total foi extraído de 109 suspensões de L. (V.) braziliensis isoladas de pacientes de LTA de Corte de Pedra. No locus CHR28/425451 foram encontrados três sítios polimórficos, cujos conteúdos resultaram em quatro haplótipos, isto é, alelos (CCT, CC-, TTT e TT-), observados na L. braziliensis de Corte de Pedra. Pares de primers foram desenvolvidos a partir das sequências destes haplótipos, que se mostrou capaz de distinguir o conjunto de haplótipos em dois grupos: CCT/CC- e TTT/TT-. Em outra amostra de 40 suspensões de L. braziliensis, o locus CHR28/425451 foi amplificado por PCR de amostras de LC e LCR, os fragmentos de DNA obtidos nestas amplificações foram clonados em plasmídio e sequenciados. Baseado nas sequências obtidas, os alelos presentes em cada isolado foram determinados e avaliados se há frequências significativamente distintas entre parasitos provenientes de LCR e LC. Resultados: O PCR convencional e o PCR em tempo real desenvolvidos para a rápida genotipagem do locus CHR28/ 425451 mostraram acurácia compatível com a da genotipagem realizada por sequenciamento. Esse método consiste numa ótima opção para a substituição do sequenciamento em estudos de genética de populações, quando são conhecidos os principais alelos presentes para o locus testado na população alvo. Em uma associação do alelo CCT com a LCR e LC foram encontrados frequências significativamente distintas do alelo CCT entre os grupos. Conclusão: A validação mostrou que os dois PCRs desenvolvidos apresentam acurácia compatível com a da genotipagem por sequenciamento na discriminação entre dois pares de alelos: CCT/CC-, TTT/TT-. A forma recente da leishmaniose cutânea (i.e. LCR) apresenta população de L. braziliensis distinta daquela encontrada na forma mais avançada da leishmaniose cutânea localizada clássica.