Desde 2014, três arboviroses, Dengue (DENV), Chikungunya (CHIKV) e Zika (ZIKV), co-circulam no Brasil causando grandes surtos sazonais. A apresentação clínica das infecções por ZIKV, DENV e CHIKV na fase aguda são similares, incluindo febre, mialgia, erupção maculopapular, prurido, artralgia e artrite. No entanto, o curso clínico e o risco de complicações são bastante distintos, por isso o diagnóstico diferencial é essencial para o melhor tratamento e controle das doenças. Objetivos: Criar um biorrepositório e aperfeiçoar o diagnóstico dos casos de infecção aguda por CHIKV no estado da Bahia. Material e Métodos: Estudo de coorte realizado com 230 indivíduos de duas cidades no estado da Bahia e uma do Ceará com quadro clínico suspeito de infecção por arbovírus em 2016 e 2017. Dados clínicos e epidemiológicos foram coletados através de questionário e avaliação clínica em postos de saúde locais, foi aplicado o escore de predição SHERA durante a avaliação clínica. Foram coletadas amostras de saliva, sangue e urina, todas as amostras foram testadas em RT-qPCR para confirmação de infecção, e o plasma foi testado com ELISA IgM. Todos os pacientes mono-infectados com tempo de doença <10 dias foram mantidos no estudo e reavaliados após 12 meses. Resultados: Observamos dentro da coorte que 50% dos pacientes evoluíram para artralgia crônica na avaliação após 12 meses da infecção, os sintomas mais presentes foram artralgia, mialgia e dor de cabeça, aproximadamente 34% dos indivíduos apresentaram lesões orais decorrentes da infecção. Na avaliação molecular 35,87% foram positivos para CHIK, 0,45% para DENV, 3,14% para ZIKV, na análise sorológica 54,42% foram positivos para CHIKV, 7,55% para ZIKV e 4,19% para DENV. A amostra com melhor desempenho para detecção molecular foi o plasma. Não houve diferença significante entre os kits de PCR utilizados. O melhor momento de detecção molecular observado foi até o 5 dia de doença, e para sorologia a partir do 4 dia. Não houve correlação significativa entre a carga viral e índice IgM e a evolução para artralgia crônica. Conclusões: Este trabalho demonstrou o melhor momento de testagem, qual método tem melhor desempenho e a amostra ideal a ser utilizada para detecção de CHIKV em pacientes com suspeita de infecção por arbovírus. A evolução para quadros crônicos foi observada em metade dos indivíduos testados, demonstrando a necessidade do diagnóstico diferencial e monitoramento pelo sistema de saúde.