Introdução: A Chikungunya é uma doença causada pelo alphavírus Chikungunya (CHIKV), transmitido por Aedes aegypti e Aedes albopictus. Além de febre e artrite, a doença Chikungunya (CHIKD) pode levar ao aparecimento de lesões orais. Objetivo: Caracterizar a lesão oral na infecção aguda por CHIKV, relacionando com a presença de vírus e resposta imune na saliva. Metodologia: Estudo de corte transversal com 228 pacientes recrutados nos municípios de Campo Formoso, Itabuna, Senhor do Bonfim e Maranguape (Ceará) entre março de 2016 a junho de 2017. Pacientes com suspeita de infecção aguda por arbovírus foram submetidos a avaliação clínica por médico otorrinolaringologista e odontólogo, com preenchimento de um questionário contendo sinais e sintomas da doença, incluindo dados sobre as lesões orais. O diagnóstico da infecção pelo CHIKV foi confirmado por PCR positivo em amostra de urina, sangue e/ou saliva ou a presença de IgM sérica específica. Adicionalmente, a expressão de quimiocinas e citocinas IL-1β IL-6, TNFa, CCL2 e CXCL10 em amostras de saliva foi determinada por RT-qPCR. A distribuição das variáveis foi testada a partir do teste de Kolmogorov Smirnov e os testes não paramétricos, em relação ao desfecho, foram os de qui quadrado, teste exato de Fisher e Mann Whitney. Resultados: Dos 204 pacientes avaliados, 105 foram diagnosticados exclusivamente como CHIKD e tinham tempo de doença menor que 10 dias no momento da avaliação. Lesões orais foram detectadas em 36 (34%) casos, sendo mais frequentes em mulheres (OR = 3,2). Na maioria dos pacientes as lesões eram dolorosas (72%) causando dificuldade de alimentação (59%). Os principais sítios acometidos foram a língua (44%), gengivas (44%) e lábios (37,5%) mas também foram encontradas na mucosa jugal (22%). As lesões da mucosa apresentaram-se como úlceras arredondadas com margens circunscritas e halo-eritematoso (37,5%) ou regiões edemato-eritematosas na gengiva marginal (3%). Os pacientes com CHIKD que apresentavam lesão bucal exibiram mais frequentemente sintomas sistêmicos de rash, prurido, mialgia, edema e dor retroocular (p <0,05). Em uma análise de regressão logística ordinal, houve associação entre a presença da lesão oral e rash cutâneo (OR = 7,817 p <0,05). CHIKV foi detectado na saliva de 13% dos indivíduos avaliados. Houve uma correlação positiva entre a presença do RNA viral e a expressão de IL-1beta na saliva (p=0,01), mas não houve associação entre presença de lesão oral e vírus detectável na saliva. Conclusões: As lesões orais são frequentes na fase aguda da CHIKD, especialmente em pacientes com quadro clínico mais exuberante e contribuem para a morbidade da doença. O aparecimento da lesão não está relacionado a presença do vírus ou a secreção de mediadores inflamatórios na saliva, mas o vírus na saliva parece induzir resposta pró-inflamatória na cavidade oral.