Introdução: Os arbovírus CHIKV ZIKV representam desafios significativos para a saúde pública no Brasil e em outras regiões tropicais e subtropicais do mundo. A propagação desses vírus é frequentemente associada à transmissão pelo mosquito Aedes aegypti, com impacto devastador na saúde humana e nas economias locais. Neste contexto, estratégias de vigilância aprimorada são essenciais para entender a dinâmica dessas infecções, identificar padrões de transmissão e responder de forma eficaz a surtos e epidemias. Objetivo: Utilizar estratégias de vigilância aprimorada para avançar a compreensão e o manejo dos surtos de vírus CHIKV e ZIKV no Brasil. Material e Métodos: Foram recrutados 426 indivíduos com suspeita clínica de infecção por arbovírus em unidades de emergência na Bahia, entre os anos 2016 e 2020. Dados clínicos, sociodemográficos e amostras biológicas foram coletadas no momento do recrutamento, e após 3, 6 e 12 meses. Foram realizados ensaios de RT-qPCR e IgM ELISA para os CHIKV, DENV e ZIKV para diagnóstico diferencial. As amostras positivas para CHIKV ou ZIKV foram sequenciadas utilizando a plataforma MinION. Os genomas gerados foram usados em análises filodinâmicas para entender a dispersão dos vírus na Bahia e Brasil. Resultados: O desenvolvimento do SHERA permitiu a identificação de indivíduos com alto risco de artralgia crônica pós-CHIKV, com sensibilidade entre 84% e 94% e acurácia entre 76% e 81%. O CDC Zika MAC-ELISA demonstrou alta desempenho para o diagnóstico de ZIKV, apresentando uma especificidade entre 93,2% e 100% e sensibilidade de 100% para amostras a partir do quinto dia de estabelecimento dos sintomas. A avaliação da dinâmica de transmissão do ZIKV permitiu evidenciar a centralidade do nordeste do país na propagação do ZIKV pelo Brasil e nas Américas. Sobre CHIKV, identificamos padrões de influência alternada da Bahia e o Rio de Janeiro sobre a dispersão do CHIKV para outras áreas do país. Conclusões principais: Este trabalho reforça a necessidade de um enfrentamento das arboviroses com base em abordagens de vigilância aprimorada, uma vez que assim é possível avançar na caracterização detalhada dos casos e na aplicação de diagnóstico laboratorial confirmatório com melhor desempenho. Essas estratégias permitem uma análise mais precisa das infecções, facilitando não apenas a identificação rápida dos casos, mas também permitindo a obtenção de amostras que possam ser usadas para avaliar a dinâmica de transmissão dos vírus de forma mais efetiva.